ดร.เสนาะ อูนากูล ได้รับโปรดเกล้าฯให้ดำรงตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยบูรพาระหว่าง พ.ศ 2534 - 2536 เป็นนายกสภามหาวิทยาลัยท่านแรก ขณะเดียวกันยังดำรงตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรีฝ่ายเศรษฐกิจ ระหว่างดำรงตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยได้มอบค่าตอบแทนตำแหน่งเพื่อจัดตั้งเป็นกองทุน ต่อมามหาวิทยาลัยได้จัดตั้งเป็นมูลนิธิ ดร.เสนาะ อูนากูล ในวันที่ 12 พฤษภาคม พ.ศ 2538  ทางมูลนิธิได้จดทะเบียนขอเปลี่ยนแปลงชื่อเป็นมูลนิธิเสนาะ อูนากูล ใน พ.ศ 2562